Тоже искал ответ на этот вопрос, и ничего удобного не нашел.
Миграции что появились, мне не понравилось — много манипуляций, и есть огромный шанс грохнуть данные.
Пока рассматриваю такой вариант. Сделать свой инициализатор на основе DropCreate, но функцией:
RenameDB -> RenameDB_ver -> CreateDB и TSQL код переноса данных RenameDB_ver -> CreateDB.