Так как пакет gulp-uncss больше не поддерживается и обновлений не будет, лучше всего будет отказаться от его использования.
Разработчик описал, как это сделать: https://github.com/ben-eb/gulp-uncss/blob/master/R...
Я не пользовался данным расширением для VS Code, но при беглом прочтении его описания мне кажется, что оно считает ваш набор файлов nodejs-сервером, соответственно, js файл воспринимается как самостоятельный серверный файл типа index.js
Вы можете открыть вашу страницу напрямую с диска и убедиться, что в источниках отсутствует ваш скрипт
Разработчик описал, как это сделать:
https://github.com/ben-eb/gulp-uncss/blob/master/R...