AlexRAV

В общем получилось следующее:
Идем в Settings => Terminal => Shell path и пишем там

"cmd.exe" /k "cd C:\absolute\path\to\env & activate & cd ../../project"

При открытии терминала получаем уже готовую консоль с запущенной средой и нужной нам папкой.

Проблема была в неправильном отображении в консоли, записал данные в файл, там нормально отображаются.