AlexP11223

Process.Start и Process.Kill (ну или Close, CloseMainWindow)?
Ну или для конкретного приложения сэмулировать необходимые действия для его закрытия типа отправки сообщения WM_CLOSE окну, нажатия кнопки (BM_CLICK например) и т.п.

А чем не подходит Javascript? Какая цель?

Вот похожий вопрос: stackoverflow.com/questions/23567355/how-to-intera...
Там говорят, что CEF вроде бы немного больше это умеет (только read-only, как я понял), или сам Webkit использовать.