Загружается. В Dropbox папка Notepad++ появляется, например.
Перезаписываются файлы настроек вроде бы только при закрытии Notepad++. Ну и еще backup несохраненных изменений, каждые N секунд (7 по умолчанию), если включен в настройках.
Где вы нашли в том сообщении, что они доступ к БД получили? По-моему там вообще только о сайте написано. Да и к какой БД: аккаунты (логины/пароли) или сами файлы.
У меня все ок, двухфакторная авторизация по смс включена.