Простите за прямоту.
А что мешает разбить этот файл на 3 блока и запустить те что нужно, останавливать или перезагружать те что нужно, добавлять или удалять - то что нужно.
Да, вам придется много раз обращаться к pm2 что бы тот запустил каждый сервер - но зато вы получите нужную вам гибкость.
Ну или почитать документацию: (
pm2.keymetrics.io/docs/usage/application-declarati...
Act on a specific process
You can also act on a particular application by using its name and the option --only :
pm2 start ecosystem.config.js --only api-app
pm2 restart ecosystem.config.js --only api-app
pm2 reload ecosystem.config.js --only api-app
pm2 delete ecosystem.config.js --only api-app