Все дело в том, что вы используете метод append для не новой (сохраненной) модели.
Для перемещения сохраненной модели необходимо использовать методы move*, например moveAfter, moveAsFirst и т. п.
Пример. Для того чтобы изменить родителя, можно сделать так:
$model->moveAsFirst($parent); // вместо $parent->append($model);