1. Собрать все контейнеры в массив: var containers = document.querySelectorAll('.container');
2. Пройти циклом по массиву и задать каждому ваше условие:
for(var i = 0; i < containers.length; i++) {
// Здесь ваш код для каждого containers[i], т. е. $('.container'), это теперь containers[i]
}
