Alex-Broudy

Как и говорил, глаз замылился ))
решение нашел, теперь пагинация работает с обоими вариантами циклов, с этим:

$args = array(
  'post_type' => 'projects',
  'tax_query' => array(
  array(
    'taxonomy' => 'doma',
    'field'    => 'slug',
    'terms'    => 'iz-brusa',
  ),
  ),
);
$args['paged'] = get_query_var( 'paged' ) ? get_query_var( 'paged' ) : 1;
$query = new WP_Query( $args );
// далее стандартный цикл

и с этим:

$this_page = get_queried_object_id(); 
	$args = array(
	'post_type' => 'banks',
	'post_parent' => $this_page,
	'numberposts' => -1,
);
$args['paged'] = get_query_var( 'paged' ) ? get_query_var( 'paged' ) : 1;
$query = new WP_Query( $args );
// далее стандартный цикл

решилось после того как добавил

$GLOBALS['wp_query']->max_num_pages = $query->max_num_pages;

перед циклом сразу после строки $query = new WP_Query( $args );

Ответ нашел здесь.

Нашел решение здесь:

<?php 
$nomer = get_the_ID(); // Определяем ID страницы на которой находимся
// Задаем параметры цикла:
$args = array(
  'numberposts'	=> -1,
  'post_type'		=> 'page',
  'meta_key'		=> 'bank_id',
  'meta_value'	=> $nomer
);

// С помощью WP_Query создаем переменную, содержащую все страницы со значением ЗАО в поле округ
$the_query = new WP_Query( $args );

?>

<?php if( $the_query->have_posts() ): ?>
  <?php while( $the_query->have_posts() ) : $the_query->the_post(); ?>
    <div><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></div>
  <?php endwhile; ?>
<?php endif; ?>

<?php wp_reset_query();	 // Возвращаем в норму все глобальные переменные ?>