Alastor

во первых использовать echo json_encode(['message' => true]);
во вторых указать тип передаваемого контента в header
в третьих смотреть результаты запроса для начала

попробуй внутри removeAllListeners указать какие именно слушатели удаляешь

Если точность не важна - то можно использовать варианты приведённые выше
Ибо через несколько часов без перезагрузок страницы таймер будет отставать на время от одной секунды, до нескольких минут. Зависит от компьютера.

А если нужна точность, то обязательно сверять по current timestamp и корректировать setInterval.