Мне нравится такой способ:
Создаем таблицу dst с той же структурой, но добавляем цифровое поле DupCount
делаем запрос:
INSERT INTO dst SELECT * FROM src ON DUPLICATE KEY UPDATE dst.DupCount = dst.DupCount +1
DupCount для каждой строки будет содержать число встретившихся повторов.
Можно написать скрипт, который будет создавать таблицу dst, копировать таким образом туда данные, удалять исходную таблицу и переименовывать dst в src.