Совсем не понятно что это за продукт. Больше бы инфы.
Обычно в портативных версия настройки лежат в *.ini. Как вариант защиты от «портатирования» программы — перенести настройки в реестр и при инсталляции вносить в программу инфу, где лежат настройки. Если их там нет, то настойчиво требовать переустановить программу.