Aista

Нельзя менять вендорные файлы (если я правильно понимаю суть вопроса), а свою разметку можно вертеть как угодно.
К примеру, ничего не мешает добавить класс и задать ему свой стиль

<div class="navbar navbar-default my-first-menu">
  <div class="container-fluid">
    <div class="navbar-header"></div>
  </div>
</div>
<div class="navbar navbar-default my-other-menu">
  <div class="container-fluid">
    <div class="navbar-header"></div>
  </div>
</div>

.my-first-menu {
  background: black;
}
.my-other-menu {
  background: red;
}