0) Где код?
1) Настолько ли важно замеры проводить с помощью АЦП? Может простейший ФВЧ + компаратор + таймер в режиме input capture? Это проще с программной точки зрения, а рассыпуха копейки стоит
2) Какие параметры АЦП? Какая частота АЦП, время семплирования, используется ли прерывание по окончании, или блокирующая функция в прерывании?
3) Правильно ли я понял - вызывается обработчик 3 таймера? Если так, то другой вопрос - зачем? TIM3_TRGO может напрямую запускать преобразование
4) DMA? Да! И ещё раз - да!
5) Не понял, зачем тут упомянут TIM2 - если он используется для других задач, стоит выключить на время отладки АЦП, что бы не мешал.
6) "Симуляцию произвожу в proteus" - не надо, отлаживать надо на реальном железе, симуляторы в таком виде не используются, только изредка qemu для юнит тестов
7) "Это он не может так быстро обработать" - если симулятор не может обрабатывать в реальном времени, она начинает обрабатывать не в реальном времени, но на логику кода это никак не влияет, просто занимает больше времени.
8) 8МГц это мало, если нет гонки за каждым миллиампером (в таком случае F1 выкидывается, ставится L0/L1), лучше выставить максимальную частоту (72МГц)
