Как обычно - написал проблему и решил ее)
basedir = /usr
datadir = /var/lib/mysql
tmpdir = /tmp
lc-messages-dir = /usr/share/mysql
Дело в этих переменных, раньше стояла mysql собранная из исходников, потом ее заменили на нормальную, а вот пути не поменяли...