Смотри, в современных андроидах тоже есть структура разделов на внутренней флеш памяти как и на Win/*Nix/*BSD/MacOS и прочих. Так вот, один из разделов, /data предназначен для хранения пользовательских данных и является самым большим по объёму. Там хранятся данные приложений, кэш/далвик(арт) кэш, данные о настройках, и много прочей дребедени. Встроенная же память под произвольные данные - это не отдельный раздел, а эмуляция, папка в разделе /data смонтированная по иному пути, что означает общее хранилище для пользовательских данных и данных приложений хотя на первый взгляд они разделены.
Сброс на заводские настройки удалит все содержимое раздела /data, хотя возможно emulated storage в котором ты и хранишь фото/видео/музыку и не затронет. Тут уж зависит от производителя телефона
