Конкретно - какие медиафайлы? Если речь идёт о видеофайлах в контексте эпизодов сериалов - возможно дело в именах. Постарайтесь придерживаться нотации типа S01E01 в именах. Если речь идёт не об этом - вероятно, у вас проблема с правами. У plexa может быть просто недостаточно прав для просмотра содержимого папки (обычно возникает в случае использования внешнего накопителя).
