Команда "lsof | wc -l" показывает гораздо большее значение, чем всего открыто файлов в системе на данный момент на самом деле.
Это связано с тем, что по несколько раз в подсчёт попадают одни и теже файлы, используемые разными процессами.
Для подсчёта общего числа открытых файлов лучше использовать первое значение в выводе команды "cat /proc/sys/fs/file-nr".
Либо, если всё же использовать lsof, то вывод придётся подвергать дополнительной обработке, убирая дубликаты.
Как проверить все открытые файлы пользователем или... 
