Как автоматизировать создание документов в СЭД?

Вы описали абстрактный процесс, но просите ссылку на конкретный инструмент решения проблемы (хотя сами уже пользуетесь одним).
Рекомендую для себя составьте этапы процесса по пунктам. Выделите те, которые не знаете как решить с имеющимися средствами и укажите их. Вероятно решением будет использование комплекса программ.