AVKor

echo '1234;1234;mm;,;455' | sed -n 's/;/,/p'
В никсах можно пройтись рекурсивно по каталогу (find) и заменить во всех нужных файлах, а в винде я не в курсе.

Сама замена как делается - должно быть понятно из кода выше.

В файле вот так:
sed -i 's/;/,/' test.txt

Считать строку. Заменить слеш на запятую. Третий элемент: считать до пробела; потом начало (число) третьего элемента по регулярке; считать до пробела; потом начало (число) по регулярке; снова до пробела; до первой запятой; всё, что осталось.

sed, grep, cut, awk в руки.

s=$(echo '[ebuild U] net-fs/samba-4.2.4-r1 [4.1.20-r1::gentoo] USE="acl pam%* system-mitk"'\
| awk -F " " '{print $3}');\
c=$(echo $s|awk -F "/" '{print $1}');\
n=$(echo $s|awk -F "/" '{print $2}'|awk -F "-" '{print $1}');\
echo "$c/$n"

Если вместо samba будет что-то типа sgmltools-2, то работать не будет. Но для таких и непонятно, как можно написать для отделения номера версии от имени пакета.