AVKor

Для Дебьяна (проще всего с использованием "Easier Alternative for STEP 2").

пишет sh: line 0: cd: HOME not set
не может перейти в директорию /var/www/d-a-r.ru

А откуда видно, что должен перейти туда?
cd
означает перейти в домашний каталог.

Значит проблема в том, что программа pdflatex не может получить или сгенерировать временные файлы с шрифтами.

Да.

Из-за чего может быть разница?

Когда просто из консоли генерируете pdf-файл, то используется каталог $HOME/.texmf-var.

И что будет если я его снену и поставлю, допустим nginx?

Мятный превратится во фряху.

Это делать через виртульный хост, но непонятно почему phpmyadmin например не прописывается в site-aviable?

Не знаю, что там делает phpmyadmin, но возникает классическтй вопрос: шашечки или ехать?