AUser0

Можно сделать редирект всех запросов с этих IP - на пустой файл.
Или даже ещё проще - return 444;

В Nginx можно сделать default сервер (который catch-all), а начиная с версии 1.15.9 можно указывать переменные ($ssl_server_name) в пути к файлу сертификата.

В nginx.conf:

server {
listen *:1337 ssl;
server_name site.com;
ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/site.com/fullchain.pem;
ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/site.com/private.pem;
#.........
}

В браузер https://site.com:1337/, и алга!

karpo518, ручное вмешательство БЫЛО, потому что вы сами видели в файле '/etc/network/interfaces' прописанные дополнительные адреса. Кто их туда прописал - это уже другой вопрос, я тут не смогу.
Почему перестало работать? Вот тут смогу. Ubuntu в очередной раз обновилась, и основной утилитой конфигурирования сети стал netplan (хотя кто его об этом не просил?). А поскольку дополнительные адреса были прописаны нестандартно, отдельными записями - скрипт миграции с одной конфигурации на другую не смог их корректно распознать/перенести, вот они и потерялись/отключились. Вуаля!

P.S. Написал, что бы можно было отметить ответ - решением.