А зачем? Вы же не будете напрямую обращаться к папкам css, js, img. Скорее всего вы будете обращаться к файлам, которые лежат в них. Просто добавьте правило:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
В таком случае, если будет прямое обращение к файлу, будь то css или js, ваш RewriteRule будет проигнорирован.