у меня была подобная ситуация не девелоперской машине. заказчик активно пользовался буфером вывода, а апач в некоторых случаях автоматически не сбрасывал буфер.
на девелоперской машине я решил это с помощью ob_flush() в конце каждого скрипта и все получилось, а так как на продакшене такой ошибки не было, то я не стал разбираться в проблеме дальше.