Max

можно хранить всё в одной коллекции:

{
   "type": "полка",
   "size":{
      "width": 45,
      "height": 34
    }
}

{
   "type": "стена",
   "size":{
      "width": 11,
      "height": 500
    },
    "holes": 3
}

так что для хранения "зоопарка" и поиска по нему mongoDB подходит.
если будут связи с другими таблицами, могут быть проблемы, потому что JOIN-ы сделать непросто.

лучше прикинуть структуру данных со связями и тогда может будет яснее