Отвечу со своей колокольни (за бутстрап, т.к. сам использую).
SEO: нормально всё с ним, правильно приготовленный бутстрап + хорошая типографика = любовь поисковиков.
Скорость загрузки: берёте не компилированные стили, а less-файлы и любым сборщиком это собираете. Что не нужно - отключаете в bootstrap.less + минификатор и на выходе получаете нормальную css. С js-файлами аналогично.
Избыточность: скорее наоборот, иногда тут не хватает, иногда там, но опять же, при правильной готовке - всё выходит хорошо.
По минусам могу сказать следующее:
1. Scrollspy плагин глючит, придётся повозиться.
2. Вёрстка форм "увлекательное" занятие... вот тут имеется избыточность.
3. Название переменных для цветов (primary, warning, danger, success, info) подходит не для всех проектов. Т.е. если у проекта цветовая палитра определена как основной1, основной2, контраст, акцент и прочее, то можно немного запутаться.