Запросы относительно простые, оптимизировать, как показывает explain, нечего
Включите slowlog и перезагрузите сервер, потом посмотрите через полчасика и если там будет пусто, тогда можно верить что с запросами всё в порядке.
Само по себе заполнение оперативной памяти не должно тормозить систему.
