Крайне советую начать с внедрения в эти проекты git или svn.
Это спасёт вас от множества фейлов в будущем, добавит дисциплины, даже если вы работаете один.
Возможность откатки до определённой версии(забагованная фича, просто откатываем до предыдущей версии и всё не надо восстанавливать в памяти где что и когда исправлялось), знание того какие вещи реально сделаны и когда(увы память не идеальна) при условии правильного описания и заполнения комитов, это очень важно.
Структурирование кода по комитам.
Не ленитесь давать описания комитам, вы делаете это для себя.
Разворачивание в новом окружении посредством пары команд.
По вопросу же конечно нужно иметь отдельный virtualenv для каждого из проектов.
Благо в pycharm это делается в меню Interpreter(http://www.jetbrains.com/pycharm/quickstart/configuring_interpreter.html) в два клика. Установка пакетов так же в два клика.
Могут возникнуть проблемы с пакетами доступными только под Linux но на этот случай может спасти виртуальная машина, либо Dual Boot.
