1. Вам необходимо сделать маппинг (сопоставление идентификаторов товаров) через дополнительные поля.
2. Далее формируете файл в любом удобном виде xml и т.п. с выборкой обновленных цен за определенный период (например за последние сутки) или всех цен и сохраняете его на сервере. Можете поставить задачу переформирования этого файла ежесуточно по cron.
3. С региональных сайтов настраиваете ежесуточное получение файла с основного сайта (например CURL) по cron.
4. На основе полученного файла формируете mysql запрос к БД. Вы можете обновить все нужные записи всего одним запросом. Т.е. обновление займет не более нескольких секунд максимум. При этом учитывайте настройку ограничения длины mysql запроса на ваших региональных сайтах.
Массив можно легко предварительно разбить на несколько частей и сформировать нужное число запросов. Например в одном запросе к БД обновлять 500 записей.