Почему бы не использовать spring boot (у него внутри TomCat - приложение на нем можно запускать кнопкой в Intellige Idea. Да и вне IDE гораздо проще развернуть его как сервис хоть в винде хоть в линукс. В дальнейшем, если решите использовать внешний Томкат или какой нибудь Гласфиш, можно сказать Mavenu паковать в War. Я такой путь выбрал.