Инсталлятор пишет в реестр путь и версию.
Если при запуске программы получаем несоответствие пути — значит портативка. Если путь совпадает, но другая версия — показываем предупреждение, что перемешивать версии нехорошо; запускать программу в этом случае или несоответствия конфигов могут быть фатальны — решать вам.