Какую опасность представляет удаленный пользователь который знает ip и пароль от root
Он владеет твоим компьютером.
Если у тебя не было софта который отслеживает изменения в системе (а его у тебя нет, иначе ты бы такие вещи не спрашивал) то ты ни как не узнаешь сделали что то у тебя на машине или нет.
Если ты не параноик просто снеси систему, форматни диск (в любом файле может быть "бэкдор") и живи дальше.
Если ты параноик и у тебя в наличии кошельки с битками то лучше снести систему и купить новый диск.