После долгих экспериментов помог такой рецепт: чистим кэш, в папке /var/root/Library/Caches/com.saurik.Cydia удаляем все файлы. Саму папку не трогаем. Ничего не сломается, не переживайте. Я, на всякий случай, предварительно скопировал соержимое, чтобы можно было откатиться. Но все прошло гладко. Cydia теперь в порядке.
Рецепт
отсюда 
