Оба протокола сами по себе не шифруют данные. Вопрос безопасности зависит от дополнительных методов, которые используются вместе с ними. Например, L2TP часто используется в сочетании с IPsec. По скорости вы, как пользователь, разницу не заметите. PPPoE более современный протокол, который проще и быстрее настраивается.