Технически разница, конечно, есть. Например сайт, который написан на joomla сложнее продвинуть (но не потому что он плохой, просто CMS создает множество дублей страниц, которые плохо влияют на его ранжирование).
Конкретно по твоему тебе париться не стоит. С Битриксом все очень и очень ок.
А вообще в интернете полно сайтов в ТОП по НЧ и даже ВЧ, который написаны на uCoz, и никого это не волнует :)
