По сути надо будет смонтировать squashfs, смонтировать целевую ext4/xfs/... и сделать rsync одного в другое. Главное проследить, чтобы все устройства в /dev и разного рода сокеты/симлинки правильно переносились.
Я подобную задачу решал архивацией системы в cpio+gz. С tar были некоторые сложности с абсолютными (не относительнми) симлинками. Специальным скриптом создавались разделы, монтировались как надо, затем туда распаковывался архив, затем скрипт по введёным параметрам создавал кастомные конфиги (IP, hostname, LDAP и прочее) из шаблонов с макросами.
Гуглите на тему использования команды создания загрузочных iso grub-mkrescue. Ей надо будет ядро + initramfs с поддержкой squashfs. И правильный grub.cfg с root= ваш squashfs. К сожалению примера не дам, давно не занимался этим, утеряно.