Как я понял ты юзаешь препроцессор sass в синтаксисе scss, создаешь тогда файл style.scss и туда импортируешь стили шапки и футера, затем для каждой страницы создаешь свой собственный файл, например для index.html файл home.scss и туда импортируешь стили всех секций, которые у тебя на главной, а если к примеру у тебя есть секция со слайдером, а потом она есть и на другой странице, то просто импортируешь стили этой секции слайдера на другую страницу где она есть, ну и разметку собственно так же копируешь или если pug делаешь импорт, а также используй модульный подход для каждой страницы, почитай об этом, модули обеспечат тебе поддержку проекта и его разработку, все исходники не будут одном файле и не запутают тебя, это касается как и стилей так и pug, ну и js собственно, если у тебя webpack и при компиляции не объединеняй все в один, должно быть два файла css, файл со стилями шапки и футера и файл со стилями страницы, тоже и касается js файлов