Никак. Битрикс уродует базу потому что вместо таблиц используется более абстрактный подход когда в несколько таблиц пихают все подряд и поэтому он тормозит. Проще вытащить все данные через вызовы к бд через битрикс и положить в другую базу а битрикс после этого удалить.
