Попробуйте спросить в телеграм канале
https://t.me/ru_mysql
Где то слышал, что скорость update могут влиять индексы, ты если в базе много записей то перестройка индексов это очень дорогая операция.
Как решать не подскажу, но очевидно, что вам нужно просто понять по какой причине происходит замедление и как этого можно избежать, для этого нужно провести профилирование запросов чтобы видеть цифры и сделать соответствующие выводы, как по мне вопрос совсем непростой... Без профилирования и цифр тут нет смысла рассуждать.
Нет универсального решения тк каждая база уникальна по своему.
Напишите сюда решение для истории для потомков.
