Может есть какой-то параметр в mkfs?
man mkfs.ext4:
OPTIONS
-b block-size
Specify the size of blocks in bytes. Valid block-size values
are 1024, 2048 and 4096 bytes per block. If omitted, block-size
is heuristically determined by the filesystem size and the
expected usage of the filesystem (see the -T option). If block-
size is preceded by a negative sign ('-'), then mke2fs will use
heuristics to determine the appropriate block size, with the
constraint that the block size will be at least block-size
bytes. This is useful for certain hardware devices which
require that the blocksize be a multiple of 2k.
-C cluster-size Specify the size of cluster in bytes for filesystems using the bigalloc feature. Valid cluster-size values are from 2048 to 256M bytes per cluster. This can only be specified if the bigalloc feature is enabled. (See the ext4 (5) man page for more details about bigalloc.) The default cluster size if bigalloc is enabled is 16 times the block size.
Соответственно, вам также потребуется что-то в духе
-O bigalloc
Но я бы очень рекомендовал сначала всё попробовать на тестовой машине, без важных данных, т.к. я встречал жалобы на проблемы с монтированием ФС после подобных операций, как минимум, на ext.
