сделать у юзера отношение "phones" hasMany, потом:
$user->phones()->save(new Phone(['home_id' => $home->id, 'phone' => '+79999999999']));
или так:
Phone::create(['user_id' => $user->id, 'home_id' => $home->id, 'phone' => '+79999999999']);
Единственное, я не знаю будет ли это работать с составным ключом. В любом случае, я советую вам сделать для телефонов обычный ключ id, потому что eloquent не поддерживает составные ключи (из коробки и без костылей)