После выполнения первого клика на '.burger' у вас меню открывается.
Затем вы хотите, чтобы по клику на '.checked' меню скрылось, но в то же время клик на '.burger' продолжает фиксироваться, ведь класс burger никуда не делся.
Поэтому открытие меню нужно фиксировать не по клику на селектор '.burger', а на тот класс, который будет удаляться после выполнения функции. А после скрытия меню будет обратно присваиваться
И вообще, открытие/скрытие меню лучше реализовать с помощью toggle