Метод попроще: сделать табличку city_district, например, с полями city_id, name, и писать районы в нее.
Метод покруче: использовать какой-нибудь КЛАДР, ФИАС, апи яндекса, гугла, open street maps или что-нибудь еще, и прекратить добавлять районы вручную.