Ну похоже, что похерились симлинки в структуре каталогов certbot при переносе (видимо, переносили кривым архиватором, который их не умеет). Архивируйте tar -cz, или вообще не архивируйте, а папку скопируйте по ssh.
Это предположение, конечно. Чтобы разобраться, нужны ошибки, которые выдает certbot.
Да и в конце-концов, можно же просто заново получить сертификаты, денег они не стоят.