Если я вас правильно понимаю, то вы собираетесь в таблице хранить некоторые данные, у которых id не является уникальным значением. Вы можете в любом случае у себя завести уник. id добавив аннотацию
@Id
А неуникальный id вы можете сохранить в качестве другого поля. Например, nativeId
Можно ли сделать Id не уникальное значение?
Нет.