Самая большая проблема будет c FX, т.е. с эффектами. Остальное проблем не должно вызвать. Мутулс по сравлению с jquery более болезненно отзывается на ошибки, поэтому оттрейсить через обычную консоль ошибок и доки не составит труда. Единсвенное, если будет ругаться на ошибку в moootools.core, то нужно обязательно проверять синтаксис (открытые закрытые скобки, фигурные скобки) и правильные написания структуры inject.
