У Вас ошибка в том, что Вы путаете "сайт" и "приложение".
Приложение в данном случае = Web-сервер. Оно/он может нести на себе много сайтов, которые разделяются: по IP-адресу; по доменному имени на одном IP-адресе; по порту.
Если Web-сервер обслуживает один сайт - то надо конкретно указать ему, какой IP-адрес слушать.
Если Web-сервер обслуживает много сайтов - то для каждого сайта надо создать секцию, в которой прописать, на каких IP-адресах этот сайт будет работать.
При разделении по доменным именам - можно в DNS прописать резолвинг на конкретный IP-адрес, а Web-сервер может слушать их все.
Короче, есть тьма решений.
Фразу "через первый планирую только подключаться к серверу, на котором стоит сайт" я не понял. Как именно Вы хотите "подключаться к серверу"? Если по SSh/FTP/etc - то он разделяется с сайтами по порту.
