Формат PDF вообще не предназначен для редактирования. Даже Adobe Acrobat - редактор от самого создателя формата - довольно хреново с этим справляется.
Плюс полиграфия, в которой PDF действительно массово используется, постепенно вымирает, а для архивных файлов PDF/A редактирование вовсе не требуется.
Наложение чего-либо на PDF удобнее делать из программ для верстки, которые импортируют этот файл, как картинку, и позволяют добавить какие-то элементы, а потом вывести результат как PDF. Идеально с этим работает Adobe InDesign (по понятным причинам), можно пощупать свободный Scribus.
Редактирование - это разбор формата в исходный PostScript, при этом могут "полететь" разные эффекты и не найтись использованные шрифты. Даже в инструментах от Adobe. Если PDF простенький - можно попробовать свободный Inkscape.
На крайний случай - растеризация PDF и правка всего, что душа пожелает, в графическом редакторе. Gimp это тоже может.
