1. Один инфоблок и несколько разделов и подразделов.
Фильтр будет отображать те свойства элементов, которые будут в фильтруемом разделе, даже если все элементы в одном инфоблоке.
Делать разные инфоблоки разумно, когда товары кардинально разных категорий, например "Телевизоры" и "Мебель".
2. Если один и тот же товар может отличаться только свойством, например Цвет или размер, и/или ценой, например Синий дороже Белого, то разумно использовать торговые предложения. Но можно и не использовать торговые предложения, если цена одинаковая и для Белых и для Синих. Тогда в корзину вы можете передавать выбранные свойства, например цвет, чтобы потом видеть это в админке.
PS: Возможны, некоторые сложности с настройкой фильтра, когда в одном блоке фильтра используется фильтрация и с учетом товара и с учетом торгового предложения. Чаще всего это проблема с логикой и/или, а также с некорректным учетом количества. Я склоняюсь чаще к тому, что если нет нужды, то не использовать товарные предложения, поскольку сложности могут быть и бывают.