По умолчанию файлы конфигурации находятся в директории /etc/my.cnf.d/, однако, при необходимости, Вы можете добавить файл /etc/my.cnf вручную
Пример файла:
[mysqld]
...
!includedir /etc/my.cnf.d
Обратите внимание! Пустая строка в конце файла /etc/my.cnf - обязательное условие.